Kerajaan secara umum menyokong pendirian agama Islam dan itu adalah dasar rasmi untuk "menanamkan nilai-nilai Islam" ke dalam pentadbiran negara.

Namun, hari Ahad yang merupakan hari cuti tradisional Kristian adalah hari cuti rasmi akhir pekan di Wilayah Persekutuan dan sepuluh daripada tiga belas negara, tidak seperti amalan di negara-negara Islam Timur Tengah. Pengecualian adalah negara bahagian Kedah, Kelantan dan Terengganu, di mana akhir pekan jatuh pada hari Jumaat dan Sabtu. Sebahagian besar Muslim di Malaysia menerima hal ini, walaupun beberapa telah menyatakan keresahan sejak masa paling suci dalam seminggu Muslim adalah antara Khamis malam dan hari Jumaat petang, ketika solat Jumaat jemaat diadakan. Amalan memiliki hari Minggu sebagai hari cuti akhir pekan adalah berlepas dari amalan-amalan Islam tradisional, kencan untuk masa kolonial Inggeris ketika Inggeris mula mendatangkan pendatang non-muslim ke negara itu.

Pada bulan Mei 2001, kerajaan memutuskan untuk tidak menyetujui aplikasi Falun Gong Jawatankuasa Persiapan untuk mendaftar sebagai organisasi undang-undang. Tindakan ini diyakini akan lebih berkaitan dengan keinginan kerajaan untuk memperbaiki hubungan dengan China bukan usaha untuk merosakkan Falun Gong untuk menyokong Islam. Kerajaan tidak menghalang ahli Falun Gong dari melakukan kegiatan mereka di depan umum.

Untuk kanak-kanak muslim, pendidikan agama sesuai dengan kurikulum yang diluluskan kerajaan adalah wajib di sekolah umum. Tidak ada sekatan pada homeschooling, walaupun sekolah dasar adalah wajib. Namun, sekolah swasta dan perguruan tinggi memiliki beberapa keperluan undang-undang.

Hari perayaan beberapa agama diiktiraf sebagai hari cuti rasmi, termasuk Hari Raya Puasa (Muslim), Hari Raya Haji (Muslim), Maulidur Rasul (Muslim), Hari Wesak (Buddha), Deepavali (Hindu), Thaipusam (Hindu), Krismas (Kristian), dan, di Sabah dan Sarawak, Jumaat Agung (Kristian).

Usaha antara agama di Malaysia

Pada bulan April 2002, Suruhanjaya Hak Asasi Manusia Malaysia (SUHAKAM) memulakan dialog antara agama yang bertujuan untuk meningkatkan pemahaman yang lebih baik dan menghargai antar kelompok yang berbeza negara agama. Peserta terdiri daripada wakil Jabatan Pembangunan Islam Malaysia, Persatuan Ulama Malaysia, dan Dewan Konsultatif Malaysia Buddha, Kristian, Hindu dan Sikh (MCCBCHS).

Pada awal 2005, banyak perdebatan dikacau oleh sebuah Suruhanjaya Antara-Iman dicadangkan diajukan oleh pelbagai individu, beberapa di antaranya termasuk ahli akademik dan peguam dari Dewan Bar.

Jawatankuasa pengarah belakang proposal untuk RUU yuran menyelenggarakan persidangan nasional yang melihat sekitar 200 + orang dari semua latar belakang agama menghadiri itu. Di sana mereka hash luar kerangka untuk yuran yang boleh memberikan nasihat kepada pihak-pihak berkaitan pada isu-isu antara-agama banyak yang timbul di Malaysia pluralistik seperti penukaran dari Islam ke agama lain, yang dianggap sebagai kemurtadan di Malaysia.

Ahli parlimen PAS Dzulkefly Ahmad, menyatakan bahawa ia menentang pluralisme agama mengatakan bahawa ia telah, "relativised" tuntutan kebenaran, dan mengatakan bahawa Islam adalah agama-agama lain yang sama memiliki.[5] Dr. Dzulkefly meneruskan untuk membuat perbezaan antara relativisme mempromosikan agama dan kerjasama dengan orang-orang dalam sebuah masyarakat "pelbagai-perkauman, pelbagai-agama, pelbagai-budaya, dan pelbagai-bahasa", dan bahawa yang terakhir itu diperlukan untuk membina yang kuat negara.[6]

Setelah liputan yang sangat di akhbar tempatan, RUU itu ditunda oleh Perdana Menteri Abdullah Ahmad Badawi, kerana kontroversi di sekitarnya.